SECCIÓN 4 Diseño Y Validación De Una Micromatriz De

sección 4 diseño y validación de una micromatriz de oligonucleótidos de alta densidad para el estudio de la senescencia foliar en girasol.

SECCIÓN 4
Diseño y validación de una micromatriz de oligonucleótidos de alta
densidad para el estudio de la senescencia foliar en girasol.
Moschen, S. 1, Fernández, P.1, Di Rienzo, J.2, Soria, M3., Dopazo, J.4
Hopp, HE.1, Paniego, N1 y Heinz, R.A1.
1Instituto de Biotecnología, CICVyA-INTA Castelar, Buenos Aires, 2Facultad
de Ciencias Agrarias, Universidad Nacional de Córdoba, 3Facultad de
Agronomía, Universidad de Buenos Aires, 4Centro de Investigación
Príncipe Felipe, Valencia, España.
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Las micromatrices de alta densidad representan una herramienta clave
para análisis transcripcionales concertados. Este trabajo tiene como
objetivo central el diseño y validación de una micromatriz de alta
densidad para el girasol cultivado que represente todas las secuencias
disponibles en GenBank/NCBI incluidas en las bases de datos de ESTs,
con el propósito de ser utilizada en estudios de expresión génica
asociados a respuestas de estrés biótico y abiótico. Este trabajo
contempló la limpieza de secuencias contaminantes presentes en los
ESTs y secuencias depositadas en bases de datos públicas, el
ensamblado de ellos (>130000 ESTs) en genes únicos (unigenes) genuinos
y representativos (eliminación de redundancias y armado de contigs) y
la anotación funcional de los mismos según un vocabulario controlado
que pueda asociar un EST a una función hipotética determinada. El
desarrollo de la micromatriz de girasol consta de 42,326 sondas: 1,417
controles Agilent, 74 sondas control para girasol en 10 réplicas (740
controles) y 40,169 sondas diferentes representando la colección de
unigenes de girasol.
Este trabajo contempló además un ensayo de validación de diseño en el
cual se utilizaron muestras sometidas a estrés hídrico y controles
para estudiar la expresión de genes candidatos (SAG) asociados al
proceso de senescencia. Los análisis de expresión diferencial fueron
realizados en términos de Ontología Génica usando FatiScan integrado a
Babelomics (http://babelomics.bioinfo.cipf.es/). Como resultado de
estos análisis se obtuvieron 558 genes diferencialmente expresados, 11
de los cuales fueron validados por PCR en tiempo real. Estos
resultados mostraron buenos parámetros de calidad y diseño,
demostrando la adecuación de la micromatriz para distintos tipos de
experimentos de genómica funcional.
La incorporación de ensayos de micromatrices permitirá estudiar el
proceso de senescencia mediante la evaluación del transcriptoma de
plantas de girasol sometidas a tratamientos que modifican la tasa de
senescencia.